A estrutura organizativa da SDC Investimentos, S.A. é encabeçada pelo conselho de administração, composto atualmente por quatro administradores, dois deles não-executivos. A gestão corrente dos negócios da empresa cabe à comissão executiva, constituída por dois membros executivos do conselho de administração.

A comissão executiva toma decisões de forma colegial, mas qualquer deliberação pode ser submetida ao conselho de administração, que reúne, por regra, trimestralmente em plenário. A definição das grandes linhas de orientação estratégica e a aprovação das contas anuais e semestrais estão reservadas a este conselho.

Na dependência da comissão executiva funcionam alguns órgãos de apoio, assessoria e prestação de serviços transversais à sociedade: Serviços Jurídicos, Planeamento Estratégico e Controlo de Gestão, Auditoria e Análise de Risco, Fiscalidade e Reporte.